一.存在教會之間「雙頭馬車」；「董事會董事長」與「聯會主席」的問題。

1.早期還沒有「財團法人」，幾個教會就組成「XXX聯會」，由各教會派「執事、牧師」參加，組成類似「會友大會」，決定聯會教會的走向。

2.政府為了有效管理「宗教團體」財物財產，要求要成立「財團法人」，設董事會、捐助章程、法人登記證書、產財清冊。政府不承認教會自組的「聯會」團體的法定效力，只有認定「董事會」。

3.當時教會為解決「雙頭馬車」聯會為權宜之計，要求「董事會」在「聯會」之下，董事會由教會執事担任，負責管理各教會的財產，聯會主席，就是「董事長」。但這已經是嚴重「違法」，按董事會章程，董事長不是由「聯會」指派，而是由「董事會」選出「常務董事」，再由「常務董事」選出「董事長」。台灣教會在「財團法人」業務上，普遍存在「違法」方式在處理。

4.實際案例：新樓醫院的董事會，總會強行派「董事長」介入，而非由「董事會改選出來」的，最後衛福部判這樣「選舉」無效，重新改選，否則政府派人接管「董事會」。